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展厅：多功能展厅
本次展览将汇集来自南京、镇江两地4家文博单位的300件（套）文物，大多数为首次公开展出。展览划分为4个部分，讲述南京依托于长江，由江南聚落发展为大一统王朝首都的历程。
展览中最古老的展品是发现于汤山葫芦洞的两件直立人头骨化石。研究表明1号头骨化石的主人是一位21-30岁的成年女性，生活在距今60万年前；2号头骨化石则属于一位30-40岁的成年男性，生活在约24万年前，根据脑容量及其形态推测可能已经具有说话的能力。
公元前473年，范蠡在秦淮河南岸筑「越城」，是现南京城区建城史的开始。展览将陈列一组西街越城遗址出土的陶器，包括灰陶尊、灰陶罐、褐陶壶、褐陶釜、红陶罐、角把鼎等，回溯南京建城之初的历史。
公元229年孙权称帝，定都建业，开启了南京的都城史。在衣冠南渡的影响之下，六朝时期的南京迎来了历史上的第一次发展高峰，成为中华文明的中心。通过东吴青瓷罐、东晋金饰玉佩、南唐银钥匙等文物，参观者得以窥见这一时期建康城的繁华。
1368年，朱元璋于南京称帝，自此南京第一次成为中国大一统王朝的京城，辖区也首次越过长江。从明代功臣墓出土的首饰，到南京宝船厂遗址出土的船用构件，展览将讲述南京与更广阔世界交流的故事。
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